El INCEP se fundó en la ciudad de Guatemala el 28 de noviembre de 1968, por iniciativa conjunta de la Fundación Konrad Adenauer (KAS) y organizaciones políticas de inspiración humanista cristiana de los seis países del área.

El contexto político y social, tanto regional como internacional, en el que se desenvolvió la labor del INCEP durante los primeros 15 años de su funcionamiento fue muy complejo, dada la polarización ideológica, confrontación armada y política represiva que se vivía en El Salvador, Guatemala y Nicaragua, así como en Honduras y Panamá.

La entidad no escapó de la represión en diversos momentos de ese período. Su primer director, Amilcar Burgos, fue encarcelado arbitrariamente durante varios meses en el segundo semestre de 1970; y su director adjunto, Ricardo Galindo, fue secuestrado y desaparecido (nunca se supo de él) en el segundo semestre de 1979.

Como consecuencia de esto último, la sede de la entidad se trasladó a Tegucigalpa, Honduras, donde funcionó durante el período de 1980 a 1985. Reanudó sus labores en Guatemala en 1986, en los inicios del primer gobierno democrático, presidido por Marco Vinicio Cerezo Arévalo.

Hasta el presente, el INCEP ha tenido 11 directores generales:

• Amilcar Burgos Solis (guatemalteco), 1969-1974
• Gabriel Aguilera Peralta (guatemalteco), 1975-1977
• Rubén Zamora Rivas (salvadoreño), 1978-1979
• Benjamín Santos (hondureño), 1980-1985
• Hermes Marroquín (guatemalteco), 1985-1986
• Karin Erbsen de Maldonado (alemana), 1986-1996
• José Dávila Membreño (nicaragüense), 1996-2008
• César Micheo (guatemalteco), 2008-2010
• Catalina Soberanis Reyes (guatemalteca), 2011
• Marco Antonio Barahona (guatemalteco), 2012-2014
• Rubén Hidalgo Rosales (guatemalteco), 2014 a la fecha

Desde 1999 el INCEP es miembro del Mirador Electoral en Guatemala. En 2011 participó en la fundación de la Convergencia para la Reforma Política (CONAREP).